Kể từ ngày 26/01/2011, các tổ chức, cá nhân Việt Nam và nước ngoài hoạt động sản xuất, kinh doanh thuỷ sản và các sản phẩm thuỷ sản XK, NK, tiêu thụ nội địa; sản xuất kinh doanh thuốc thú y, thức ăn, hoá chất, chế phẩm sinh học dùng trong nuôi trồng thuỷ sản tại Việt Nam khi được cơ quan nhà nước có thẩm quyền thuộc ngành nông nghiệp và phát triển nông thôn thực hiện các nghiệp vụ quản lý chất lượng ATVS thực phẩm và vệ sinh TYTS theo quy định của pháp luật phải nộp phí, lệ phí theo mức thu quy định mới tại thông tư này.
Thông tư số 199 thay thế Quyết định số 60/2008/QĐ-BTC ngày 31/07/2008 của Bộ Tài chính về việc quy định chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí về quản lý chất lượng, ATVS và TYTS.
Ban hành kèm theo thông tư là biểu phí, lệ phí trong công tác quản lý chất lượng, ATVS và TYTS bao gồm: Lệ phí về công tác quản lý chất lượng, ATVS và TYTS, lệ phí về công tác TYTS, phí về công tác quản lý chất lượng, ATVS và TYTS và phí về công tác TYTS.
Theo quy định mới, cơ quan thu phí, lệ phí được để lại 85% tổng số tiền thu về phí, lệ phí thực thu được để trang trải chi phí cho việc thu phí, lệ phí theo quy định, 15% còn lại, cơ quan thu phí, lệ phí phải nộp vào ngân sách nhà nước thay vì để lại 95% tổng số tiền thu về phí, lệ phí thực thu và 5% còn lại thu vào ngân sách nhà nước như quy định cũ.
Trong các biểu phí, lệ phí đi kèm Thông tư 199, lệ phí về công tác quản lý chất lượng, ATVS và TYTS như: Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện đảm bảo vệ sinh an toàn để sản xuất kinh doanh thực phẩm thủy sản, giấy chứng nhận áp dụng chương trình quản lý chất lượng theo HACCP, giấy chứng nhận chất lượng và chứng thư vệ sinh cho lô hàng thủy sản... vẫn giữ nguyên mức thu cũ.
Còn tại 18 danh mục lệ phí cấp giấy chứng nhận về công tác TYTS, Bộ Tài chính giữ nguyên mức thu của hai danh mục đầu tiên là 40.000 đồng/lần cấp và cụ thể về lệ phí cấp giấy chứng nhận kiểm dịch động vật và sản phẩm động vật, thực vật thuỷ sản nội địa, XK, NK, quá cảnh, mượn đường được quy định tại Quyết định số 60 bằng lệ phí cấp giấy chứng nhận kiểm dịch động vật và sản phẩm động vật, thực vật thủy sản XK, NK, tạm nhập tái xuất, chuyển cửa khẩu, quá cảnh lãnh thổ Việt Nam.
Lệ phí xác nhận kiểm dịch động vật, sản phẩm động vật, thực vật thuỷ sản tạm nhập, tái xuất, tạm xuất, tái nhập, quá cảnh, mượn đường được quy định tại Quyết định số 60 được thay bằng lệ phí cấp giấy chứng nhận kiểm dịch động vật, sản phẩm động vật, thực vật thủy sản vận chuyển nội địa và bỏ giấy chứng nhận kết quả kiểm nghiệm các chỉ tiêu đơn lẻ với mức thu 10.000 đồng/lần cấp ra khỏi bảng lệ phí cấp giấy chứng nhận về công tác TYTS.
Tại biểu phí về công tác quản lý chất lượng, ATVS thủy sản, mức thu các chỉ tiêu cảm quan, vật lý; các chỉ tiêu vi sinh; các chỉ tiêu hóa học thông thường và đặc biệt gần như không thay đổi. Riêng mức thu các chỉ tiêu hóa học của nước như: xác định độ cứng, ôxy hòa tan, sắt, độ đục... giảm từ 3.000 - 10.000 đồng/chỉ tiêu, xác định chì, thủy ngân, asen giảm 54.000 đồng/chỉ tiêu so với quy định cũ.
Mức thu phí về công tác TYTS tại Thông tư số 199 thay đổi nhiều nhất. Trong đó, Bộ Tài chính đã giảm nhiều mức thu phí kiểm dịch động vật, sản phẩm động vật, thực vật thủy sản NK như: cá giống bố mẹ, cá giống hậu bị nước mặn, lợ giảm từ 23.700 đồng/con xuống còn 5.500 đồng/con, cá bột nước mặn, lợ từ mức 6.650 đồng/vạn con xuống còn 2.500 đồng/vạn con... Kiểm dịch tôm bố mẹ nước mặn, lợ (trừ tôm chân trắng) cũng giảm từ 5.000 – 12.600 đồng/vạn con...
Phí kiểm dịch của phần lớn động vật, thực vật thủy sản lưu thông trong nước được giảm so với quy định cũ. Còn phí kiểm tra công nhận cơ sở, vùng nuôi trồng thủy sản theo tiêu chuẩn GAP/CoC/BMP, phí kiểm tra điều kiện vệ sinh thú y cho các cơ sở nuôi trồng thủy sản, phí kiểm tra chất lượng nước nuôi... không thay đổi so với Quyết định số 60...
