Chế phẩm sinh học dùng để ngăn chặn bệnh do vi khuẩn, thay cho thuốc kháng sinh vì thuốc kháng sinh có thể tồn dư trong cơ thể thịt tôm. Tuy nhiên, chế phẩm sinh học thường được dùng để phòng bệnh và phải được sử dụng kết hợp với quá trình quản lý ao chặt chẽ, nhất là quản lý thức ăn. Nếu tôm đã bị bệnh vi khuẩn rồi thì việc dùng chế phẩm sinh học không có tác dụng chữa trị ngay lập tức nhưng sẽ giúp cải thiện dần dần ao nuôi và làm giảm thiệt hại. Có nhiều loại vi khuẩn trong sản phẩm vi sinh được sử dụng để làm sạch đáy ao. Hầu hết các loại vi khuẩn được sử dụng là bọn hiếm khí, sử dụng oxy để sinh trưởng và phân hủy chất hữu cơ. Một số vi khuẩn kỵ khí cũng được sử dụng để làm giảm H₂S ở lớp bùn đáy.